Σε ολόκληρη τη διάρκεια του Μεσαίωνα, έως την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, η Βοημία διατηρούσε στενές σχέσεις με τον ελληνοβυζαντινό κόσμο. Στους αιώνες που ακολούθησαν και έως το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου η ελληνική παρουσία στη χώρα αυτή ήταν γενικά περιορισμένη. Ουσιαστικά, εντοπίζεται στην προσωρινή παραμονή στην Πράγα και σε μερικά, ακόμα, αστικά κέντρα μικρών ομάδων ή ακόμα και μεμονωμένων Ελλήνων φυγάδων, στρατιωτικών, τυχοδιωκτών και κληρικών. Μαζική μετακίνηση ελληνικών πληθυσμών στο χώρο της Τσεχοσλοβακίας (όπως αυτός προσδιορίστηκε μετά τη διάλυση της Αψβουργικής Αυτοκρατορίας το 1918) έχουμε μόνο κατά την τελευταία φάση και αμέσως μετά τη λήξη του Εμφυλίου Πολέμου στην Ελλάδα. Πρόκειται για την εγκατάσταση εκεί ενός σημαντικού τμήματος των πολιτικών προσφύγων.
Το σώμα των πολιτικών προσφύγων χωρίζεται σε δύο μεγάλες κατηγορίες: η πρώτη συγκροτήθηκε με τα παιδιά που μεταφέρθηκαν από την αριστερή παράταξη, τα δύο τελευταία χρόνια του Εμφυλίου, από εμπόλεμες περιοχές σε χώρες της Ανατολικής Ευρώπης (μια ενέργεια που αποκλήθηκε από την πλευρά των νικητών με τον ιστορικά αναχρονιστικό όρο «παιδομάζωμα»). Η δεύτερη αποτελείται από τα υπολείμματα του Δημοκρατικού Στρατού, τα οποία, μετά το τέλος των επιχειρήσεων στο Βίτσι και τον Γράμμο, τον Αύγουστο του 1949, κατέφυγαν εσπευσμένα με τις οικογένειες τους σε διάφορες Λαϊκές Δημοκρατίες. Υπάρχει βέβαια και μία τρίτη μικρότερη κατηγορία, που αποτελείται από αυτούς που εγκατέλειψαν την ελληνική επικράτεια οικειοθελώς, μεσούντος του πολέμου, για να αποφύγουν την εμπλοκή τους στην εμφύλια διαμάχη. Αυτοί ήταν κυρίως κάτοικοι παραμεθόριων περιοχών, και πολλοί από αυτούς επέστρεψαν στον τόπο διαμονής τους μετά το πέρας των εχθροπραξιών.
Στην Τσεχοσλοβακία βρέθηκαν μετά το τέλος του εμφυλίου πρόσφυγες και από τις τρεις κατηγορίες. Ο αρχικός τους αριθμός υπολογίζεται σε περίπου 12.000, από τους οποίους 4.000 ήταν παιδιά, που αφίχθηκαν στην Τσεχοσλοβακία από την άνοιξη του 1948 έως το 1949. Οι υπόλοιποι έφτασαν σε τέσσερα κύματα, μεταξύ του 1949 και του 1950. Το πρώτο κύμα έφτασε μέσω θαλάσσης από την Πολωνία, τα άλλα δύο από το Μπούλκες της Γιουγκοσλαβίας και το τέταρτο από τη Βουλγαρία. Μετά τα γεγονότα στην Ουγγαρία, το 1956, μετακινήθηκαν και άλλοι Έλληνες προς τη χώρα αυτή, λόγω της ανάμιξής τους στην καταστολή της ουγγρικής αντεπανάστασης. Πρόκειται για την πολυπληθέστερη κοινότητα πολιτικών προσφύγων μετά από αυτή της Σοβιετικής Ένωσης.
Μετά την άφιξη τους οι πρόσφυγες προωθήθηκαν αρχικά στην αγροτική τσεχοπολωνική παραμεθόριο, για εργασία στον αγροτικό τομέα. Οι ανάγκες της ταχύτατα βιομηχανικά αναπτυσσόμενης Τσεχοσλοβακίας οδήγησαν, ωστόσο, σε νέες μετακινήσεις προς ορισμένες βιομηχανικές πόλεις: Karniva, Ostrava, Jesenik, Brno, Krnow και Πράγα, προκειμένου οι πρόσφυγες να εργαστούν στα εργοστάσια της περιοχής. Οι περισσότεροι από αυτούς ειδικεύτηκαν στην εξορυκτική βιομηχανία και την υφαντουργία. Κάποιοι από τους πρόσφυγες δεν ανήκαν στο στρατόπεδο των ανταρτών, αλλά ήταν αιχμάλωτοι του κυβερνητικού στρατού. Ορισμένοι από αυτούς (700) μπόρεσαν να επαναπατριστούν τη δεκαετία του 1950, κάποιοι άλλοι έπρεπε, όπως και οι υπόλοιποι, να περιμένουν 30 χρόνια.
Όπως σε όλες τις χώρες του “ανατολικού μπλοκ”, έτσι και στην Τσεχοσλοβακία επετράπη στο Κομμουνιστικό Κόμμα Ελλάδας (ΚΚΕ) να διατηρεί, παράλληλα με το εκεί εκπαιδευτικό σύστημα, και το δικό του εκπαιδευτικό μηχανισμό για τη διάδοση της δικής του εθνικής διαπαιδαγώγησης. Ο μηχανισμός αυτός (ο οποίος με την πάροδο του χρόνου ξεπεράστηκε) δημιουργήθηκε για το σύνολο των παιδιών στις σοσιαλιστικές Δημοκρατίες, και καθοδηγείτο από την ΕΒΟΠ (Επιτροπή Βοήθειας για το Παιδί), που ανέλαβε τη συνολική φροντίδα για την εκπαίδευση των δασκάλων, τη συγγραφή των βιβλίων, την ελληνόγλωσση πολιτική και τη σχολική μόρφωση των παιδιών. Η ΕΒΟΠ δημιουργήθηκε το 1948 από το ΚΚΕ στη Βουδαπέστη και μετεγκαταστάθηκε το 1950 στο Βουκουρέστι μαζί με την εξόριστη ηγεσία. Πρόεδρος της επιτροπής ήταν ο υπουργός Υγείας της κυβέρνησης των ανταρτών, καθηγητής Ιατρικής του Πανεπιστημίου Αθηνών και πρόεδρος της Ελληνικής Ιατρικής Εταιρείας, στη δεκαετία του 1930 Πέτρος Κόκκαλης. Άλλα μέλη της ήταν η λογοτέχνης Έλλη Αλεξίου, ο φιλόλογος Γιώργος Αθανασιάδης, και ο μετέπειτα γενικός γραμματέας του ΚΚΕ Γρηγόρης Φαράκος. Έργο της ΕΒΟΠ ήταν, φυσικά, και η εθνική διαπαιδαγώγηση των παιδιών. Αυτή δεν ήταν ανθελληνική, κατά το πρότυπο των “γενιτσάρων”, όπως υποστήριζε η κυβερνητική παράταξη, αλλά η ιδιότυπη σοσιαλιστική παιδεία που χαρακτήριζε και το εκπαιδευτικό σύστημα των άλλων τότε σοσιαλιστικών Δημοκρατιών.
Η κυρίαρχη εθνική ιδεολογία των χωρών αυτών εδραζόταν στην ιδεολογική πλατφόρμα του “προλεταριακού-σοσιαλιστικού πατριωτισμού”, που αποτελούσε αναπόσπαστο κομμάτι του προλεταριακού διεθνισμού, το οποίο, σύμφωνα με την παραπάνω ιδεολογική παραδοχή, εξέφραζε τα συμφέροντα της εργατικής τάξης σε παγκόσμιο επίπεδο. Η εθνική υπερηφάνεια ταυτιζόταν, στο πλαίσιο αυτό, όχι με τις εθνικές και πολιτιστικές παραδόσεις ή τη γλωσσική ιδιαιτερότητα, αλλά με τις κατακτήσεις και την πρόοδο της σοσιαλιστικής κοινωνίας, την οποία οι σοσιαλιστές πολίτες όφειλαν να υπηρετούν. Η Σοβιετική Ένωση λοιπόν, η υπόθεση της εργατικής τάξης, ο προλεταριακός διεθνισμός ήταν έννοιες που κατά βάση κυριαρχούσαν στην εκπαίδευση των παιδιών. Ως αξεπέραστα, αέναα πρότυπα πνευματικής και πολιτικής ολοκλήρωσης προπαγανδίζονταν στα παιδικά περιοδικά των πολιτικών προσφύγων (ΕΠΟΝίτης, Πυρσός, Αετόπουλα, Η Φωνή της Γυναίκας), υμνητικά μάλιστα, τέσσερα κυρίως πρόσωπα της σοσιαλιστικής παράδοσης: ο Στάλιν, ο Μπελογιάννης, ο Ζαχαριάδης και ο Σταχάνοφ. Τα τέσσερα αυτά πρόσωπα συμβόλιζαν και τις τέσσερις βασικές αρχές του σοσιαλιστικού ιδεατού ανθρώπου: του οδηγού, υπηρέτη της παγκόσμιας ειρήνης για τον Στάλιν, του ήρωα, υπηρέτη του κόμματος για τον Μπελογιάννη, του οργανωτή και πρωτοπόρου της σοσιαλιστικής απελευθέρωσης για τον Ζαχαριάδη και του θυσιαζόμενου υπέρ της οικοδόμησης της σοσιαλιστικής κοινωνίας για τον Σταχάνοφ.
Αρκετοί πρόσφυγες εγκολπώθηκαν τις παραπάνω ιδεολογικές παραδοχές, έθεσαν τον εαυτό τους στην υπηρεσία του κομματικού αγώνα και ακολούθησαν συνειδητά κομματική καριέρα στις ανατολικές χώρες. Κάποιοι άλλοι όμως, θέλοντας με την πρώτη ευκαιρία να επιστρέψουν στην Ελλάδα, υπέβαλαν αιτήσεις στην ελληνική πρεσβεία της Πράγας ή σε άλλες ελληνικές πρεσβείες του Εξωτερικού, με στόχο τον επαναπατρισμό τους. Στις ελληνικές πρεσβείες, ωστόσο, τους περίμενε συχνά η κοινοποίηση της απόφασης της ελληνικής κυβέρνησης, που τους αφαιρούσε την ελληνική ιθαγένεια. Πολλοί μάλιστα είχαν καταδικαστεί ερήμην —και εν αγνοία τους— ως εγκληματίες του κοινού ποινικού δικαίου. Χρειάστηκε να παρέλθει αρκετός χρόνος, δειλά από το 1974 και κυρίως μετά το 1981, για να αρχίσουν να ξεπερνιούνται τέτοιου είδους αντιλήψεις. Πολύ μεγάλη ώθηση στην τάση παλιννόστησης έδωσε η συμφωνία μεταξύ Αθήνας και Πράγας, στα μέσα της δεκαετίας του 1980, που ρύθμιζε τα συνταξιοδοτικά και ασφαλιστικά ζητήματα των ελλήνων πολιτικών προσφύγων.
Η κραυγαλέα προσωπολατρεία, που χαρακτήριζε την ιδεολογική διαπαιδαγώγηση των προσφύγων, έμελλε να έχει καταλυτικές επιπτώσεις στη συνοχή τους κατά τις διάφορες κρίσεις του ελληνικού κομμουνιστικού κινήματος, όπως η καθαίρεση της ομάδας Ζαχαριάδη το 1956 και η διάσπαση μεταξύ του γραφείου εσωτερικού του ΚΚΕ και της ηγεσίας Κολιγιάννη το 1968 (από την οποία και προέκυψε το ΚΚΕ Εσωτερικού). Το τελευταίο, που είχε την αμέριστη υποστήριξη του ρουμανικού κομμουνιστικού κόμματος, βρήκε, λόγω της άνοιξης της Πράγας που αυτό αποδοκίμασε, πολλούς υποστηρικτές και στην Τσεχοσλοβακία. Οι Έλληνες της Τσεχοσλοβακίας λοιπόν διασπάστηκαν από τις αρχές της δεκαετίας του 1970 σε δύο διαφορετικές παντσεχοσλοβακικές οργανώσεις, την Επιτροπή Επαναπατρισμού Ελλήνων Πολιτικών Προσφύγων Τσεχοσλοβακίας, που επρόσκειτο στο ορθόδοξο ΚΚΕ, και την Κεντρική Επιτροπή Επαναπατρισμού Πολιτικών Προσφύγων, που ακολουθούσε το ΚΚΕ Εσωτερικού. Και οι δύο διέθεταν αντίστοιχες τοπικές οργανώσεις στις διάφορες πόλεις. Η ξεχωριστή διεκδίκηση του δικαιώματος της επιστροφής των πολιτικών προσφύγων από τις οργανώσεις αυτές περιόρισε τη δυναμική του αιτήματος και συνέβαλε στη διαιώνιση του προβλήματος.
Στην Τσεχοσλοβακία, για λόγους ευρύτερης πολιτικής και με βάση τη λενινιστική αρχή περί αυτοδιάθεσης, αναγνωριζόταν επίσης χωριστή “σλαβομακεδονική” μειονότητα, η οποία, όπως υποστήριζαν οι εκπρόσωποι της, αποτελούσε περίπου το 30% του συνολικού αριθμού των ελλήνων προσφύγων, και το ένα τέταρτο των παιδιών που είχαν μεταφερθεί εκεί. Αν και οι οργανώσεις του ΚΚΕ στις ανατολικές χώρες απέφευγαν να θίξουν ζητήματα κρατικής υπόστασης, η μειονότητα αυτή διέθετε τη δική της οργάνωση για τα πολιτικά και πολιτιστικά ζητήματα, ξεχωριστή έκδοση σχολικών βιβλίων και περιοδικών, ειδικό εορτολόγιο (επέτειοι της επανάστασης του Ίλιντεν κ.λπ.) και σχολεία. Με τον καιρό μερικά μέλη της ομάδας αυτής επέστρεψαν στην ελληνόφωνη οικογένεια. Η ανάδειξη, πάντως, της ομάδας αυτής σε αυτόνομη εθνική μειονότητα προκάλεσε ποικίλα κοινωνικά και ιδεολογικά προβλήματα, τα οποία ο ιδεολογικός μηχανισμός του ΚΚΕ στην Τσεχοσλοβακία, παρά τις προσπάθειές του, δεν κατάφερε να ελέγξει.
Σήμερα στη Τσεχία ζουν περίπου 3.500 Έλληνες, από τους οποίους οι περισσότεροι έχουν διπλή υπηκοότητα. Σε αυτούς περιλαμβάνονται και μερικές εκατοντάδες φοιτητών, κυρίως στην Πράγα. Σχεδόν σε όλες τις μεγάλες πόλεις (Brno, Jesenik, karniva, Krnow, Ostrava, Recka Obec, Πράγα, Sumperk, Hellenic Community of Brno) υπάρχουν ελληνικές ομογενειακές οργανώσεις, ενώ στην πρωτεύουσα ζουν μόλις 400 Έλληνες, τα δύο τρίτα των οποίων είναι πολιτικοί πρόσφυγες.
Οι κοινότητες αυτές είναι οργανωμένες σε μια Ομοσπονδία Ελληνικών Κοινοτήτων Τσεχικής Δημοκρατίας (Asociace Ceckych Osei V. Ceske Republice), η οποία στεγάζει 12 κοινότητες και διοργανώνει εκδηλώσεις και πολιτιστικές δραστηριότητες, όπως τη διδασκαλία ελληνικής γλώσσας στη Σχολή Γλωσσών Πράγας, Φεστιβάλ, έκδοση του περιοδικού διατήρηση ποδοσφαιρικής ομάδας κ.ά., σε όλη την Τσεχία. Υπό την αιγίδα της πραγματοποιήθηκε η επίσκεψη του πρώην προέδρου της Ελληνικής Δημοκρατίας Κωνσταντίνου Στεφανόπουλου, πριν μερικά χρόνια, η οποία θεωρήθηκε πράξη συμφιλίωσης του ελληνικού κράτους με τους πολιτικούς πρόσφυγες.
Αν και οι πολιτικοί πρόσφυγες συμμετέχουν τόσο στις διάφορες ελληνικές κοινότητες όσο και στην Ομοσπονδία, το καταστατικό της οποίας έχει δεχτεί πολύ μεγάλες επιρροές από το Καταστατικό του ΚΚΕ, έχουν δικό τους Σύλλογο (ένδειξη της παλιάς διαίρεσης των προσφύγων), την Ένωση Πολιτικών Προσφυγών (Spolek Polit Emigrantu), στην πόλη Ostrova.
Στην Τσεχία υπάρχουν επίσης κάποιοι σύλλογοι που δεν έχουν οργανική σχέση με την Ομοσπονδία Κοινοτήτων: ο Σύλλογος Ελλήνων Πολιτών στην πόλη Krnow (Svaz Reckych Obscanu VCR), η Ένωση Ελλήνων Πολιτών στην Πράγα (Svaz Reckych Obscanu), η Λέσχη Χορού Akropolis. η Λέσχη Φιλελλήνων στην Πράγα και το Λύκειο Ελληνίδων στην Τσεχική Δημοκρατία. Όλοι οι σύλλογοι και οι κοινότητες λειτουργούν χάρη στην υποστήριξη της τσεχικής κυβέρνησης και του ελληνικού Υπουργείου Εξωτερικών. Η Δημοκρατία της Τσεχίας φιλοξενεί επίσης σήμερα πέντε Έδρες Κλασικών και Βυζαντινών Σπουδών, τέσσερις στην Πράγα και μία στο Brno.
Στη Σλοβακία ζουν σήμερα 20 περίπου Έλληνες πολίτες και μερικές δεκάδες φοιτητών. Στη πόλη Pri Dunaji υπάρχει Σύνδεσμος Σλοβακο-Ελληνικής Φιλίας (Spolouvost Slovensk-Hellenskeho).