Η καρδιά του ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη έπαψε να χτυπά το 1835, αλλά η ίδια η καρδιά του Υδραίου αγωνιστή της Ελληνικής Επανάστασης δεν εγκατέλειψε ποτέ τον μάταιο τούτο κόσμο. Ο βασιλιάς Όθωνας διέταξε να ταριχεύσουν την καρδιά του αρχηγού του ελληνικού στόλου, η οποία όμως διέγραψε ένα μεγάλο γραφειοκρατικό κύκλο προτού καταλήξει στη γενέτειρά του. Τοποθετημένη σε ασημένια λήκυθο, παραδόθηκε αρχικά στο παλαιό υπουργείο επί των Ναυτικών στην Αθήνα, έπειτα εστάλη στο Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο, προτού καταλήξει στη μητρόπολη της Ύδρας, όπου φυλασσόταν για αρκετά χρόνια. «Μέχρι να στηθεί το νέο κτίριο του Ιστορικού Αρχείου και Μουσείου και να μας παραδοθεί από τον μακαριστό μητροπολίτη Ιερόθεο, παρά τις αντιδράσεις, διότι είχε συνηθίσει η κοινωνία την καρδιά στην εκκλησία» λέει η διευθύντρια του Ιστορικού Αρχείου της Υδρας Ντίνα Αδαμοπούλου, το οποίο φέτος συμπληρώνει έναν αιώνα από την ίδρυση του.

Μπορεί να μοιάζει κλισέ, αλλά δεν είναι υπερβολή να λέγαμε ότι το Ιστορικό Αρχείο – Μουσείο είναι, με τη σειρά του, η «καρδιά» του πολιτισμού στο νησί, χάρη στην εξωστρέφειά του, αποφεύγοντας να λειτουργεί μόνο ως περιφερειακή υπηρεσία των Γενικών Αρχείων του Κράτους. Μέχρι όμως να φθάσει στη σημερινή του μορφή είχε ένα ταξίδι «α λα Μιαούλη».

Η ίδρυσή του έγινε το 1918 με αφορμή την ανακάλυψη ενός σημαντικού όγκου αρχειακού υλικού από τον τότε δήμαρχο Υδρας Αντώνιο Δ. Λιγνό σε ένα από τα κελιά του μοναστηριού και μετέπειτα μητρόπολης της Ύδρας. Με τη συνδρομή του εφοπλιστή και ευεργέτη του νησιού Γκίκα Ν. Κουλούρα, χτίζεται το αρχικό κτίριο σε σχέδια του αρχιτέκτονα Αναστάσιου Ορλάνδου, το οποίο όμως ύστερα από χρόνια εμφανίζει κατασκευαστικά προβλήματα. «Ο ίδιος το είχε χαρακτηρίσει το προσωπικό του mea culpa» σημειώνει η κ. Αδαμοπούλου, και το κτίριο κατεδαφίζεται για να χτιστεί το υφιστάμενο σε σχέδια του Άγγελου Κοτρώνη και με τη συνδρομή του μητροπολίτη Ιερόθεου.

Το 1986 τοποθετήθηκε στο αρχείο η κ. Αδαμοπούλου και μέχρι να εγκαινιαστεί το νέο κτίριο (10 χρόνια μετά) είχε το γραφείο της σε ένα από τα κελιά του μοναστηριού.
«Τα εκθέματα του αρχείου, που τότε ήταν περίπου 300 αντικείμενα και πίνακες, βρίσκονταν μέσα σε χώρους του λιμεναρχείου με όλη την υγρασία από τη θάλασσα και, για να συντηρηθούν, τα πήγαινα με συνοδεία αστυνομίας και με το πλοίο της γραμμής στην Αθήνα». Το ταξίδι των εκθεμάτων από και προς την Ύδρα κράτησε περίπου έξι μήνες, ενώ σήμερα το μουσείο αριθμεί περίπου 3.000 τεκμήρια, από πορτρέτα αγωνιστών και προσωπικοτήτων, σπαθιά, όπλα, καριοφίλια, ναυτικά αντικείμενα και κειμήλια της οικογένειας Κουντουριώτη μέχρι και τη Χάρτα του Ρήγα τυπωμένη στη Βιέννη το 1793. Το πωλητήριο με εκδόσεις του μουσείου και διάφορα έργα Ελλήνων σχεδιαστών συμβάλλει καθοριστικά στα έσοδα, όπως και οι ενοικιάσεις αιθουσών – με αυτά τα χρήματα καλύπτονται τα καθημερινά έξοδα αλλά και οι αμοιβές του προσωπικού, το οποίο εργάζεται εδώ και χρόνια με δελτία παροχής υπηρεσιών μέσω του φορέα οικονομικής διαχείρισης που έχει συστήσει το Ιστορικό Αρχείο.

Η δημιουργία σταθερής κατάστασης είναι απαραίτητη για έναν φορέα που έχει διοργανώσει πάνω από 85 συναυλίες και 90 εικαστικές εκδηλώσεις, λειτουργεί ως ιστορικό αρχείο και ερευνητικό ίδρυμα. Αυτήν την περίοδο φιλοξενεί έκθεση με έργα του Κωνσταντίνου Βολανάκη, από το Ίδρυμα Λασκαρίδη, και βραδιά «Μαρία Κάλλας» με τη διεθνούς φήμης Αρμένισσα μέτζο σοπράνο Βαρντούχι Καχατριάν.