Την περίοδο της Τουρκοκρατίας εκδηλώθηκαν πολλά επαναστατικά κινήματα, καθώς οι Έλληνες αγωνίζονταν για την ελευθερία τους. Ενιαίος τύπος σημαίας δεν υπήρχε.
Ο αρχηγός κάθε επαναστατικής ομάδας ύψωνε τη δική του, αυτοσχέδια σημαία με σύμβολα από τη βυζαντινή παράδοση ή την αρχαία ελληνική μυθολογία κεντημένα ή ζωγραφισμένα στο πανί.
Ο Χριστός, η Παναγία, ο Άγιος Γεώργιος που σκοτώνει το δράκο, η θεά Αθηνά, το μυθικό πουλί Φοίνικας, ο αετός με την κορώνα ή ο δικέφαλος αετός και πάντα σχεδόν ο σταυρός κυριαρχούν.
Δεν λείπουν και φράσεις που εμπνέουν και εμψυχώνουν, όπως «Εν τούτω νίκα», «Ιησούς Χριστός νικά», «Ελευθερία ή Θάνατος», «Μάχου υπέρ πίστεως και πατρίδος».
Οι πολεμικές σημαίες των κλεφτών και των αρματολών ονομάζονταν μπαϊράκια, ενώ οι γιορτινές φλάμπουρα. Οι ναυτικοί ονόμαζαν τις δικές τους σημαίες παντιέρες.
Οι οπλαρχηγοί έκαναν αγιασμό για τις καινούργιες τους σημαίες. Οι πολεμιστές ορκίζονταν στη σημαία «υπέρ πίστεως και πατρίδος».
Η θέση του σημαιοφόρου αποτελούσε τιμή για τον αγωνιστή. Ήταν όμως και επικίνδυνη, γι’ αυτό επιλέγονταν οι πιο γενναίοι και οι πιο δυνατοί.
Ο Ρήγας Βελεστινλής πρότεινε τη δική του σημαία για μια ελεύθερη Ελληνική Δημοκρατία, όπως την οραματιζόταν.
Αυτή είχε τρεις οριζόντιες ζώνες (κόκκινη, λευκή και μαύρη). Στη μεσαία εικονιζόταν το ρόπαλο του Ηρακλή με τρεις σταυρούς από πάνω.
Κατά την κήρυξη της Επανάστασης στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες, ο Αλέξανδρος Υψηλάντης ύψωσε μια παρόμοια σημαία με τρεις οριζόντιες ζώνες (κόκκινη, λευκή και μαύρη).
Στη μια όψη είχε το μυθικό πουλί φοίνικα που ξαναγεννιέται από τις στάχτες του και στην άλλη σταυρό μέσα σε στεφάνι ελιάς και την επιγραφή «Εν Τούτω Νίκα».
Με την έναρξη της Επανάστασης του 1821 συνεχίζεται η παράδοση των αυτοσχέδιων σημαιών.
Κυριαρχεί όμως η σημαία της Φιλικής Εταιρείας με το κρυμμένο νόημα που ξεσηκώνει τους επαναστάτες: ο σταυρός μέσα σε στεφάνι, οι δεκαέξι στύλοι δεμένοι χιαστί με ταινία, τα λάβαρα με το σύνθημα ΗΕΑ-ΗΘΣ (ή ελευθερία ή θάνατος) υπάρχουν σε πολλές επαναστατικές σημαίες του Αγώνα της Ανεξαρτησίας.
Ο σταυρός που πατά σε ανεστραμμένη ημισέληνο, η άγκυρα, ο αετός που κατατρώει τη γλώσσα φιδιού, το φίδι, η κουκουβάγια είναι επίσης σύμβολα της Φιλικής Εταιρείας που συναντάμε σε ναυτικές επαναστατικές σημαίες.
Τα χρώματα και οι τύποι της ελληνικής σημαίας, όπως τα ξέρουμε σήμερα, ορίστηκαν το 1822 από τους επαναστατημένους Έλληνες με το πρώτο Σύνταγμα που συνέταξαν (Προσωρινόν Πολίτευμα της Ελλάδος).
Η σημαία της ξηράς είναι γαλάζια με λευκό σταυρό στο κέντρο.
Η σημαία της θάλασσας φέρει εννέα οριζόντιες λωρίδες, γαλάζιες και λευκές εναλλάξ, και ένα γαλάζιο τετράγωνο με λευκό σταυρό στο κέντρο πάνω αριστερά. Η ελληνική σημαία παραμένει απαράλλαχτη έως σήμερα.
Τις παραμονές της εκλογής του Όθωνα ως πρώτου βασιλιά της Ελλάδας, υψώθηκαν κυανόλευκες σημαίες με τον φοίνικα που αναγεννάται από τις στάχτες του και την αναγραφή «Όθων Α΄ Ηγεμών της Ελλάδος».
Την περίοδο της βασιλείας σε επίσημες κρατικές σημαίες προστέθηκε το στέμμα ή ο θυρεός του βασιλιά.
Στις περιοχές που δεν είχαν ακόμη απελευθερωθεί (Θεσσαλία, Ήπειρος, Μακεδονία, ελληνικές κοινότητες Θράκης και Μικράς Ασίας, Κρήτη, νησιά Αιγαίου Πελάγους) οι σημαίες των επαναστατικών κινημάτων που συχνά ξεσπούσαν έφεραν ποικίλα σύμβολα, όπως αυτά των προεπαναστατικών σημαιών.
Επίσης, απαντούν κυανόλευκες σημαίες με επαναστατικές αναγραφές.
Η Σημαία της Ελλάδος όπως την σχεδίασε ο Ρήγας Φεραίος στα χειρόγραφά του το 1797. Φώτο: Wikimedia Commons
Η τρίχρωμη σημαία της «Ελληνικής Δημοκρατίας» που πρότεινε ο Ρήγας Φεραίος. Φώτο: Public domain, via Wikimedia Commons
Σημαία των Θρακών επαναστατών. Φώτο: Wikimedia Commons
Σημαία της περιοχής της Αττικής κατά την περίοδο της Επανάστασης. Φώτο: Wikimedia Commons
Σχεδίασμα της σημαίας των Σπετσών κατά το πρώτον έτος της Επανάστασης. Η ανεστραμμένη ημισέληνος σημαίνει την πτώση της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Φώτο: Wikimedia Commons
Το θρυλικό λάβαρο που υψώθηκε στην Αγία Λαύρα. Φώτο: Wikimedia Commons
Η σημερινή μορφή της ελληνικής σημαίας καθιερώθηκε το 1978. Φώτο: Wikimedia Commons
Σημαία που έφερε ο Ανδρέας Λόντος κατά την είσοδό του στην Πάτρα το 1821. Φώτο: Wikimedia Commons
Σημαία του Αρείου Πάγου της Ανατολικής Χέρσου Ελλάδας (1821-1825), με τα σύμβολα της πίστης, της αγάπης και της ελπίδας.Φώτο: Wikimedia Commons
Η σημαία του Αθανασίου Διάκου με έμβλημα τον Άγιο Γεώργιο και την επιγραφή: «Ελευθερία ή Θάνατος». Φώτο: Public domain, via Wikimedia Commons
Σημαία της Φιλικής Εταιρίας. Φώτο: Wikimedia Commons
Σημαία λευκή με κυανό σταυρό του πρώτου χρόνου της Επανάστασης. Φώτο: Public domain, via Wikimedia Commons
Ναυτική σημαία της Επανάστασης του 1821. Φώτο: Wikimedia Commons
Σχεδίασμα της επίσημης σημαίας της Διοικήσεως της νήσου Σάμου κατά το πρώτο έτος της Επανάστασης, με τα σύμβολα της Φιλικής Εταιρείας. Φώτο: Wikimedia Commons