Ο τεράστιος όγκος βροχής που έπεσε στην περιοχή των Μαλίων προκάλεσε εκτεταμένες πλημμύρες στις αγροτικές εκτάσεις που περιβάλλουν το ανάκτορο.
Η μεγάλη αγροτική έκταση ανατολικά του χώρου στάθμευσης πλημμύρισε, παρ’ ότι η αρμόδια υπηρεσία είχε τοποθετήσει υπόγειο αγωγό παροχέτευσης των ομβρίων. Υπάρχει και δεύτερος αγωγός, αλλά τα ύδατα της βροχής έρρεαν, επί ώρα, με ορμή κατά μήκος της περίφραξης και εισήλθαν στον αρχαιολογικό χώρο με αποτέλεσμα να πλημμυρίσει η συνοικία των εργαστηρίων, που είναι υπόσκαφη.
Η έφορος Αρχαιοτήτων Ηρακλείου Β. Συθιακάκη, ζήτησε τη συνδρομή του δημάρχου Χερσονήσου, ο οποίος ανταποκρίθηκε αμέσως, στέλνοντας εκσκαπτικό μηχάνημα για να συνδράμει στην αντιμετώπιση του προβλήματος. Τοποθετήθηκε πρόχειρο ανάχωμα το οποίο όμως ελάχιστα κατάφερε να ανασχέσει την εισροή των υδάτων.
Μεγάλος όγκος υδάτων εισήλθε και στο εσωτερικό των ανεσκαμμένων χώρων από τα στέγαστρα προστασίας, καθώς τα κανάλια απορροής των ομβρίων υπερχείλισαν από την ένταση της βροχής. Διαπιστώθηκε ότι η κλίση των καναλιών απορροής είναι εσφαλμένη με αποτέλεσμα να μην λειτουργούν ικανοποιητικά σε βροχή μεγάλης έντασης.
Αλλά και η στάθμη του εδάφους περιμετρικά των ανεσκαμμένων χώρων είναι υψηλότερη και δεν έχουν προβλεφθεί αποστραγγιστικές τάφροι. Έτσι, τα όμβρια ύδατα που απορρέουν από τα στέγαστρα και τα πέριξ αυτών, κατέληξαν στο εσωτερικό των χώρων, τόσο του Quartier Mu -συνοικία εργαστηρίων- όσο και στον παρακείμενο χώρο της Υπόστυλης Κρύπτης, παρά την ύπαρξη φρεατίου απορροής.
Κατά την αυτοψία, διαπιστώθηκε ότι επικάθησε στα δάπεδα παχύ στρώμα λάσπης, το οποίο, θα απομακρυνθεί από τους συντηρητές, όταν στεγνώσει. Τότε θα είναι εφικτή η συνολικότερη αποτίμηση της κατάστασης των επιχρισμάτων. Πάντως, μέχρι στιγμής, δεν υπάρχουν καταρρεύσεις τοίχων ή άλλες σοβαρές καταστροφές.
Οι μηχανικοί και συντηρητές της Εφορείας θα συντάξουν λεπτομερείς τεχνικές εκθέσεις για την αντιμετώπιση των προβλημάτων».
